推薦状のレターヘッドなのですが、もし（会社や大学の）レターヘッドが入手できない場合の対処法はどのようなものになりますでしょうか。

そういったケースは稀にありますが、通常レターヘッドへのプリントは必須となりますため、推薦者様の方で作成頂くことになります（ただ現在はほとんどオンラインでの提出となるためレターヘッドの必要性はほとんどありません）。

その場合、通常組織のロゴ、連絡先が入っていれば問題ありません。
またどうしても推薦者様の方で作成頂くことが難しい場合は、出願者様の方で作成頂くことになるかと思います。

ただ日本の大学でレターヘッドがない、と考えるのは難しいので、もし推薦者様にレターヘッドない、と言われましたら教務課の方で事情を話して使用させて頂きたい旨お伝え頂くことをお勧め致します。

通常レターヘッドがないケースは会社やその他NPOやNGOなどで、大学などの高等教育機関などでレターヘッドがないケースはほとんど見受けられません。

そのため、念のため推薦者様にレターヘッドにプリントする重要性をお伝え頂き、ご使用頂くよう再度お願い頂きますよう何卒宜しくお願い申し上げます。

現在ほとんど推薦状はオンラインでの提出になりますが、世界中の大学院を対象とあるとまだまだ一部の大学院ではペーパーでの提出が義務付けられています。また、オンライン提出でもペーパーの推薦状をオンライン上でアップロードするケースもありますので、注意が必要です。